苗期管理主要包括病虫害防治，阴雨天防湿和幼苗遮荫，同时也要注意苗木生长前的除草松土和追肥。播种1个月后，开始破土出苗，应防止发生根腐病和猝倒病，在幼苗出土后每隔1周用800倍托布律或半量式波尔多液轮换喷施，防治效果较好。幼苗出土后，气温逐渐上升，幼苗组织幼嫩。易受日灼，及时搭荫棚透光度50％～60％。中耕除草、施肥等管理措施按常规育苗进行。 
红豆杉也可采用扦插育苗，插条应选用萌发枝、幼树枝或成年大树的树冠上部粗壮的1年生枝条为好。春季采集休眠枝作扦插枝，插穗长10～15厘米。基部应带老枝长0.5～1.0厘米，基粗0.2～0.5厘米，剪去下半部叶片。插床宽1.2米，其上垫混和的黄心土和细河砂，比例为1∶1，具有保水、透气功效，床高20 厘米，基质铺平后要用0.3％的高锰酸钾溶液灭菌。插条用100毫升/公斤的1号ABT生根粉溶液处理2小时后，插入苗床，深度为插穗的2/3，株行距3厘米 ×10 厘米。用塑料薄膜拱棚覆盖，保持苗床和空气湿润，透光度控制30％～40％。 
南方红豆杉要求造林地选在海拔600米以上的山地，土层深厚、肥沃、排水良好。用3年生以上的苗木造林，春季栽植。块状整地，挖穴大小60厘米×60厘米，深50厘米，株行距1.2米×1.5米或1.5米×2.0 米。造林后，每年松土除草和追肥1～2次，连续抚育4～5年。红豆杉幼苗生长动态具有明显的阶段性，实生苗植株高度和茎粗在出苗后前两年生长缓慢，株高年增长不足10厘米，自**年起生长速度加快，3～5年生苗株高年增长逾20厘米，夏季生长较快，秋季和春季缓慢。【浙江新昌南方红豆杉】