南方红豆杉适宜在土层深厚疏松、腐殖质丰富、排水良好、pH值5.7～6.2的酸性或中性土壤中生长，也能在有石灰岩山地钙质土及瘠薄的山地生长，但在干燥的平原地区生长不良，形成灌木状。伴生植物有黑壳楠、青冈栎、柳杉、樟树等。主根不明显，侧根发达，盘结力强，枝条坚韧，不易被风雪吹压。枝叶茂盛，萌发力强，耐修剪，耐寒。红豆杉抗病虫能力强，经数年观察，尚未发现红豆杉有规模化的病虫害发生。 
由于红豆杉有较高的药用价值，导致全球性的大量原始野生红豆杉被掠夺性地砍伐，或全树剥光树皮，资源日趋匮乏，加之红豆杉雌雄异株，雄多雌少，种子发芽率低，生长缓慢，很多生物学特性限制了自然种群的发展，更加剧了其濒危的境况。因此，进行人工繁殖育苗造林，保护好红豆杉资源具有重要的意义。 
红豆杉种质资源的保存和苗木快速繁育技术是保护和发展红豆杉的关键，近年来关于红豆杉育苗栽培等研究报道较多，一些科研机构和科技人员对红豆杉种子发育、种子休眠、播种育苗、扦插繁殖、幼苗生长、人工造林等进行了深入的研究，为保护和发展红豆杉资源提供了科学依据。 
南方红豆杉种子10月中、下旬成熟，果实呈深红色时即可采收。种子采回后浸在水中3～5天，每天换水1次、搓去假种皮，洗净，摊放在室内阴凉干燥处阴干l～2天。种子千粒重89克，一般11000粒/公斤。南方红豆杉属深休眠种子，播种前必须经过自然变温沙藏层积法处理。其方法是挖深25厘米的土坑，把经过消毒的种子和过筛的河砂按1∶3的比例均匀混合，先将土坑内垫5厘米厚的河砂，再把混砂的种子平铺在土坑内，厚度15厘米，上面盖湿砂5厘米，与地面相平，上面再盖草。种子一般在翌年10月下旬开始破壳现白，即可播种。